【矿藏资源】文昌境内有铁、钨、钛、铬、铅、铝、钴、煤、锆砂、宝石、水晶、石英砂、高岭土等十多种矿产，仅大中型矿体就有十几处。尤其是龙马的石英砂，蓬莱的铝矿和铺前的锆钛矿都是国内闻名的矿区。

【动物资源】陆生动物主要有兽类、蛇类、爬行类、昆虫类和鸟类等，其中野生鸟类有100多种，昆虫类有100多种，其他类均有数十种不等。水生动物主要有鱼类、虾类、蟹类、贝类和一些独特的海洋动物（如海胆、海参、海蜇、海马、海龙、沙虫等），其中贝类有30多种，鱼类有近百种，虾类和蟹类各有十多种。

【植物资源】陆生植物主要有粮食作物类（包括水稻、玉米、高粱、小米、薯类、豆类和其他杂粮作物），蔬菜瓜果类（西瓜和冬瓜产量较多），热带亚热带水果类（荔枝、龙眼、杨桃、蒲桃产量较多），还有以花生为主的油料农作物和以甘蔗为主的糖料农作物，以及椰子、槟榔、橡胶、胡椒为主的热带经济作物，此外还有野生绿肥等其他农用植物。森林植被方面，全市有木本植物500多种（其中花类近百种），木麻黄林带环布沿海沙滩，以及竹类十多种和草类近千种等。水生植物比较有名的是一类统称为“红树”的海洋滩涂植物，属国家保护的珍稀野生植物，全市红树林面积总计近3000公顷。此外，其他的海洋植物主要是水底藻类，如麒麟菜、石花菜、江蓠菜、马尾菜、紫菜、叉菜和海带等；其中麒麟菜和石花菜是经济价值较高的化工、制药与食品原料，江蓠菜、紫菜和海带可作食用。淡水植物主要有莲藕、浮萍、水葱和水浮莲等。

【自然景观旅游资源与自然保护区】在自然景观旅游资源方面，文昌境内主要有铜鼓岭国家级自然保护区（国际生态旅游区）、东郊椰林风景名胜区、清澜高隆湾旅游区、会文冯家湾旅游区、铺前木兰湾旅游区、东路名人山鸟类自然保护区和八门湾红树木自然保护区等一批山水景区，此外还有尚在开发建设之中的东郊航天主题公园。文昌境内有自然保护区4个，除上述龙楼铜鼓岭、东路名人山、八门湾红树林3处外，还有文昌市沿海珊瑚礁保护区。